これたまに質問を受けるんです。。
ということで、簡単にお話します。
結論から言いますと、主に下記３つになるかと思います。
1.抗ヒスタミン（鼻水を抑える成分）の種類（世代）が違う
2.花粉症薬の抗ヒスタミンは眠気が出にくく
風邪薬の抗ヒスタミンは眠気が出やすい
3.風邪薬は、鼻に効く成分以外も入っている
花粉症の薬は基本長い期間飲みますので毎回眠気が出たら困りますよね。
そのため、眠気が出にくいものが発売されています。
なら花粉症の薬の抗ヒスタミンを風邪薬に入れてしまえばいいのではないかという
話もありますが、もともと花粉症の薬は第1類（販売規制がある）に指定されており、
そちらを入れると販売に規制がかかったり、それに商品の成分を入れ替えたりすることは容易でない、またコストも変わってきますので今は入っていません・・・が、
花粉症の薬で第2類になった製品もありますのでもしかしたら今後あり得るかもしれませんね。
それでは簡単に説明します
1.抗ヒスタミン（鼻水を抑える成分）の種類が違う
2.花粉症薬の抗ヒスタミンは眠気が出にくく
風邪薬の抗ヒスタミンは眠気が出やすい
1.2を一緒に説明します。
そもそも抗ヒスタミンって何？となるかもしれません。
そのためにはヒスタミンを説明しないといけないと思いましたが、
少し長くなるのでそれは別の機会に説明します。
ここでは、ヒスタミンは鼻水を引き起こす物質と考えてください（他にも作用はありますが）。
そのヒスタミンを抑える働きがあるのが”抗”ヒスタミンとなります。
抗ヒスタミンには世代がありまして・・
第一世代から第三世代まで。
これ聞けば第三世代のほうが良さそうですよね。
でもそのとおりで、第三世代のほうが眠気が少なくなってます。
花粉症薬の抗ヒスタミン⇒第二、三世代⇒眠気が少ない
風邪薬の抗ヒスタミン⇒第一世代⇒眠気が出やすい
このように抗ヒスタミンでも少し種類（世代）が異なり、眠気も変わってきます。
3.風邪薬は、鼻に効く成分以外も入っている
これに関しては言わずもがなですが、
風邪薬は鼻だけでなく、頭痛等の痛みを抑える成分や、熱を抑える成分、痰を切れやすくする成分などが複数入っています。
花粉症ではないが症状に鼻水だけがあるようであれば、花粉症の薬でも効くかもしれませんので、
症状は鼻だけ！眠くなりたくない！病院も行く時間がない！ということでしたら、市販の花粉症の薬を試してみるのもありかもしれません。
ドラックストアや薬局に薬剤師や登録販売員がいますので、
実際に購入の際はアドバイスをもらうのがいいと思います。
季節の変わり目は風邪を引きやすいので、皆さんお気を付けください。